选用良种。选用高产、抗病的“双低”油菜品种邡油777、陕油28、得中油339、中油杂39、汉油9号等品种，根肿病发生区选用秦优DK4、华油杂62R。
合理轮作。不从病区调运油菜种子；与其他非十字花科作物轮作，最好是与水稻轮作；根肿病重病田连续改种小麦或非十字花科作物4-5年，避免在低洼积水地块或酸性土壤上种油菜。
精细整地。育苗移栽油菜苗床地应选择地势较高的地块，尽量采取人工除草；浅旋耕直播应在水稻收割后，及时采用机械旋耕整地，要求使表土疏松细碎，田面平整无杂草，力争一播全苗；播种前要开好三沟（边沟、中沟、腰沟），做到明水能排，暗水自落。底肥尽量多施有机肥，避免大量使用化肥，以免土壤酸化，病田亩施150公斤石灰改变酸碱度，使得土壤呈微碱性，减轻病害。
药剂拌种。油菜根肿病区采用10%氰霜唑拌种量为100毫升/千克的油菜种子包衣剂进行种子包衣，晾干后播种。苗床地播种前进行消毒工作，培育无病毒幼苗。在移栽前用石灰水（每桶20公斤加0.2-0.3斤石灰粉溶解）或50%福美双1000倍液进行浸根或用作定根水。
病虫防治。油菜越冬前主要防治小菜蛾、蚜虫、菜青虫、跳甲，可亩用2.5%氯氰菊酯1000倍液或10%吡虫啉可湿性粉剂2500倍液喷雾防治；防治霜霉病亩用80%代森锌可湿性粉剂500-800倍液喷雾。发现根肿病病株，及时拔除，携出田外统一烧毁或深埋，不可任意丢弃，在病穴四周撒石灰，以防病菌蔓延。
